En contra de lo que generalmente se cree, el carlismo dio la espalda al régimen franquista en plena Guerra Civil rechazando el Decreto de Unificación y cuestionando la continuidad de Franco en el poder. Liderados por Manuel Fal Conde, los boinas rojas cerraron de nuevo filas en torno a su rey, el 'príncipe regente' Javier de Borbón-Parma, y, desde el mismo año 1939, iniciaron una escalada de enfrentamientos que culminaron en los graves sucesos de Pamplona y Valencia el 3 de diciembre de 1945. Detenciones, palizas, castigos, encarcelamientos, destierros, cierre de locales y hasta atentados, como el de Begoña, jalonaron unos años de plomo en los que los requetés llegaron a ser acusados de 'hacer el juego a los rojos'. Después, coincidiendo con la Segunda Guerra Mundial, el carlismo intentó poner fin a la dictadura propugnando una monarquía tradicional que pudiera ser aceptada por la Europa que había vencido a Hitler y al fascismo. La deserción de los generales que tanto habían ensalzado su valor en los campos de batalla y la reconciliación de las grandes potencias con Franco durante la Guerra Fría, hicieron estéril este desafío, uno de los mayores a los que tuvo que hacer frente en franquismo durante los años cuarenta.