Su Diálogo de doctrina cristiana fue prohibido en 1529. En un momento en el que aún no estaban claros los límites entre luteranismo, erasmismo y mística, la vigilante Inquisición sospechó de ella: las ideas de Erasmo y las citas implícitas de escritos luteranos convierten a esta obra en referencia obligada para todo valdesista. Los erasmistas perseguidos aún eran poderosos y salvaron a Valdés de la cárcel, pero tuvo que huir a Italia, donde su hermano Alfonso utilizó sus buenas relaciones con la corte papal para interceder por él. La obra más conocida de Valdés, el Diálogo de la lengua, es un pasatiempo literario en comparación con toda una carrera de pensamiento religioso y obra teológica. Su interés radica en que es el primer tratado, después de los de Nebrija, sobre la correcta manera de hablar y de escribir el español y contiene extraordinarias recomendaciones gramaticales y ortográficas, aunque en su tiempo no tuvo gran repercusión.

También escribió el Alfabeto cristiano, que representa el primer paso de su plena dedicación a la tarea espiritual y bíblica, a la que se sentía divinamente llamado. El conjunto de escritos que mayor influjo ejercieron fueron sus Ciento diez divinas consideraciones. Breves piezas de reflexión sobre las reuniones semanales de la congregación valdesiana.