Tras un proyecto de regulación que se incorporó al Anteproyecto de Ley de Enjuiciamiento Criminal en 2011, el vacío de regulación de la cadena de custodia ha sido la tónica dominante hasta nuestros días. Aquel efímero proyecto contenía normas generales pero valiosas porque aportaban unas reglas de actuación y sobre todo se incorporaba una previsión esencial de cuáles eran los efectos que el quebrantamiento de la cadena de custodia tendría en el proceso y cuál habría de ser el momento y la fórmula adecuada para su impugnación. No faltan recomendaciones internacionales que piden que se regule de forma expresa los actos que componen este proceso porque la falta de regulación propicia vulneraciones cuyas consecuencias jurídicas tampoco aparecen reguladas. Ante la ausencia de una normativa general, aparece una normativa reglamentaria, acuerdos marco y, en suma, una serie de instrumentos un tanto dispersos que tampoco son de obligada aplicación y que no logran crear un panorama adecuado. Como en tantas ocasiones, la realidad va muy por delante del legislador y son los tribunales los que han de completar las lagunas que éste deja. Nuestra jurisprudencia ha sido la encargada de ir perfilando todo el instituto de la cadena de custodia, desde el propio concepto hasta los efectos de su vulneración. Lo ha hecho partiendo del carácter instrumental del mismo. Ciertamente, estamos ante un procedimiento extrajudicial, con un contenido puramente material: asegurar que lo que se recoge sea lo mismo que, tras su custodia y análisis, se presenta como prueba en el juicio. Pero aunque efectivamente, estamos ante un aspecto más práctico que teórico, una figura tomada de la realidad con valor jurídico, plantea una serie de interrogantes cuando aparecen irregularidades o vulneraciones, porque su rotura puede llegar a quebrantar derechos fundamentales.
Los errores que se produzcan sobre la protección en la integridad de los indicios tendrán una repercusión doble. Por un lado, impedirán que se realice una buena investigación judicial, lo cual llevará, en muchos casos, a que se dificulte o incluso se impida la identificación del responsable. Pero por otro, y éste será al que nosotros nos vamos a dedicar, una vez abierto el juicio oral, cuando ese indicio, se haya convertido en objeto de análisis pericial y en dictamen probatorio, la deficiente manipulación puede anular o alterar su valor como prueba y puede tener un efecto directo sobre el derecho de defensa, el derecho a un proceso con todas las garantías y a la presunción de inocencia..