Coetáneo al estudio cronológico de su biografía hemos establecido cuatro capítulos.

Uno primero en el que, coincidente con el periodo del final de la Restauración y la plena vigencia de la Dictadura de Primo de Rivera, analizamos los estudios académicos y obtención de las Cátedras de Derecho Civil y de Procesal por Bonilla Marín, la situación por la que transita la Universidad en un intento de europeización en respuesta a la crisis política y los primeros intentos de autonomía con la reforma del ministro Cesar Silió y subsiguiente proceso de reforma estatutaria de la Universidad.

El capítulo II nos permite abordar el periodo de la II República y los cambios en la Universidad. El tránsito al periodo republicano con la consolidación de la generación del 14, alusiva e identificada con un activo grupo de profesores activos unidos en la oposición a la Dictadura primorriverista, intervendrá activamente en el advenimiento del régimen constitucional republicano. Bonilla Marín participará en la reorganización del republicanismo en la provincia de Granada; en la implementación integral de los seguros sociales y será elegido compromisario para la designación de Presidente de la República. Pero fracasa en la pretensión de participar más activamente en la vida política intentando ser elegido diputado a Cortes, algo que no consiguió en las dos ocasiones en las que lo intentó.

En el capítulo III abordamos el exilio de Bonilla Marín. Su periplo mexicano le llevó, entre otras tareas, a incorporarse a la Escuela de Economía de la UNAM en la que obtendría una plaza de catedrático, a trabajar en el Banco Anglo-Mexicano y a asesorar al Gobierno mexicano en materia de previsión social. Es destacable su intensa militancia en Izquierda Republicana, su colaboración con José Giral y la inusitada actividad política integrándose en las estructuras del Gobierno Republicano en el Exilio desde 1942, desarrollando un importante papel en la gestión económica.

En el marco del capítulo IV, quebrando el criterio cronológico, analizamos el cuádruple proceso represivo de Bonilla Marín: intervención de bienes, depuración, responsabilidades políticas y masonería. Si por algo se caracteriza el Régimen franquista es por el solapamiento de las represiones en torno a un mismo encausado. La trayectoria académica y política del profesor Bonilla Marín permite aproximarnos a la represión del primer franquismo (1936-1945).