El Derecho Indiano aplicado a los indígenas (siglos XVI-XVIII) constituyó un "mestizaje jurídico" al combinar el derecho castellano con las costumbres nativas, respetando estas últimas siempre que no contravinieran la fe católica. Este sistema, de carácter personalista y proteccionista, creó la "República de Indios" para gestionar la justicia local, integrándolos dentro de la Corona de Castilla.

Características del mestizaje jurídico:

Pluralismo jurídico: Coexistencia de normas castellanas, derecho especial indiano y derecho indígena (costumbre).

La República de Indios: Figura que permitió a los pueblos originarios mantener ciertas estructuras de gobierno y autoridades propias bajo la supervisión de la Corona.

Respeto a la costumbre: Las normas nativas se aplicaban siempre que no fueran contrarias a la religión católica ni a las leyes indianas.

Objetivo de integración: Buscaba la incorporación de los indígenas a la Monarquía Hispánica, otorgándoles un estatuto jurídico especial, conocido como "Derecho de los indígenas" desarrollado por Miguel Ángel González San Segundo.

Este marco jurídico reflejaba una sociedad en constante transculturización, donde los funcionarios civiles y eclesiásticos adaptaban el derecho europeo a la realidad americana.