Desde el siglo XIV hasta principios del siglo XIX los miembros del gremio universitario salmantino estuvieron bajo la jurisdicción del juez del Estudio, llamado maestrescuela, que contaba con el apoyo de la audiencia escolástica (formada por jueces, fiscales, procuradores, notarios y alguaciles) y disponía de una cárcel propia para quienes delinquían. En la segunda mitad del siglo XVI se produce un claro deterioro del ejercicio del poder por parte del maestrescuela y su audiencia (con abusos, detenciones sin pruebas, extorsión a los detenidos, dilaciones en los juicios…), por lo que el rector, un estudiante, plantea en el claustro universitario la creación de una cofradía para ayudar y defender a los estudiantes que, al ser apresados, quedan totalmente desvalidos. Los estatutos de esta cofradía son aprobados por el claustro de la Universidad y sancionados por Felipe II en 1568, pero el maestrescuela pone todos los medios a su alcance (incluida la excomunión) para impedir su ejecución, lo cual es fuente de graves tensiones y conflictos a lo largo del siglo.