Filosofía de la Ciencia Jurídica es una obra que analiza el derecho desde la filosofía, siguiendo con fidelidad sus distintas etapas históricas, logra explicar la armonía que existe entre las convicciones científicas y las jurídicas desde la antigüedad hasta nuestros días. Comprendido el derecho por Juvencio Celso como el arte de lo bueno y equitativo, Soto Villaflor concuerda los textos romanos con los griegos, ofreciendo un planteamiento novedoso de la scientia iuris civilis respecto a la ofrecida por las tradicionales escuelas italiana, alemana y española. El estudio de Soto Villaflor recompone la unidad de la Filosofía de la Ciencia del derecho en la antigüedad clásica romana por medio de una técnica que combina el tradicional estudio de los fragmentos del Digesto con su explicación filosófica, que lo lleva a ofrecer una nueva concepción de cómo los romanos concebían los procedimientos legis actiones, agere per formulas y cognitio extraordinem, que para el autor constituyen la manifestación del arte, uno de los tres elementos de la ciencia jurídica, que junto al universal y a la acción configuran su ciencia. La relevancia de los estudios de los fragmentos romanos es gravitante en las conclusiones de Soto VIllaflor, quien explica detalladamente a cuáles elementos de la scientia iuris civilis se ha referido cada fragmento en estudio, generando una presentación unitaria de la comprensión de la ciencia jurídica en la antigüedad, apartándose de la tradición de escuelas romanísticas sobre la interpretación de los fragmentos en estudio.
El tratamiento dado a la actio y a la intentio dentro del agere, es la consecuencia de comprender el derecho desde sus principios filosóficos y no desde la idea que el procedimiento constituye una rama de especialidad del moderno derecho, como suele ser presentado por parte de las tradicionales escuelas europeas. La convicción del autor sobre estos asuntos viene a ofrecer planteamientos renovados en el estudio del derecho.
En el periodo medieval, las creencias científicas sobre el derecho modificarán en parte sus primeros principios, aunque manteniendo el contenido de bueno y equitativo que el derecho tiene en su manifestación artística. Sin embargo, es en la ubicación de la ratio donde el autor sitúa la más importante novedad, dado que en este periodo se le contiene dentro de la literalidad misma. Llegada la modernidad, los cambios más profundos se devienen con la concepción de la Justicia, que abandona su pertenencia al arte del derecho y se transforma en objeto del derecho proveniente este último de los textos normativos, separando ambos conceptos que se encontraban unidos en la antigüedad, reduciendo la Justicia a un valor, fuera de la acción, transformando esta última en un procedimiento administrativo. El abordaje histórico filosófico del derecho que logra Soto Villaflor es un aporte relevante al conocimiento de esta ciencia en el presente, que en los últimos tiempos suele ser comprendida desde convicciones dogmáticas tenidas por primeras verdades, en donde el derecho se ve minimizado a un valor que se justifica en la verificación material de sus presupuestos, fuera de la ética, escindiéndolo del ejercicio reflexivo que es eminentemente ejercicio de virtud humana.