Narrando desde sus orígenes la problemática que tuvo Sor Juana Inés de la Cruz al escribir su Carta Atenagórica, y al ser publicada ésta sin su autorización, Pérez Amador realiza un estudio de la Carta a Sor Filotea de la Cruz así como los supuestos que la envuelven, como el hecho de quién pudo escribir a Sor Juana bajo el nombre de Sor Filotea y lo que en realidad llevaban implícitas sus palabras, el efecto de éstas en la poetisa y las causas reales que la llevaron a su arrepentimiento. Para llegar a ello el autor hace hincapié en diversas teorías de filósofos, literatos y estudiosos, e intenta tomar de éstas lo más sustentable o las pruebas fehacientes para llegar a la conclusión más apegada a la verdad sobre Sor Juana Inés de la Cruz y su realidad intelectual religiosa.

A finales del siglo XVII se desató una polémica religiosa y política en torno a la figura de Sor Juana, debido a la aparición impresa de su Carta Atenagórica. Hasta ahora, la mayoría de los estudios buscaban en su Respuesta a Sor Filotea las circunstancias de dicho lance y de la muerte de la monja jerónima. Alberto Pérez-Amador Adam, en cambio, abre un diálogo con la época y sus ideas, acudiendo a la olvidada disputa "de auxiliis" -que en las postrimerías del siglo XVI enfrentó a jesuitas y dominicos- para dar una nueva dimensión filosófica e ideológica al texto de Sor Juana. Esto le permite al autor cuestionar varios supuestos acerca de Sor Juana y su obra: la opinión de que la monja secundaba las ideas jesuitas; de que el remitente de la Carta era el obispo de Puebla, Manuel Fernández de Santa Cruz, su amigo y protector; o demostrar lo endeble de las principales hipótesis respecto a sus años finales.
Las conclusiones de este estudio no sólo abarcan los documentos teológicos de Sor Juana, sino que son extrapolables a toda su obra, a la época en que vivió y a la literatura que se produjo en ese tiempo.